Los Museos Vaticanos, surgieron como una colección privada pequeña de esculturas de Julio II, ubicada en el conocido Patio de las Estatuas del Beldevedere, en la actualidad el Patio Octógono.
Los distintos Papas, fueron los primeros monarcas que colocaron sus colecciones de arte y sus palacios a disposición del público y d ela cultura.
Las Galerías Pontificias y los Museos Vaticanos, surgen con las cátedras de Clemente XIV y Pío Vi, por este motivo los museos tienen el nombre de Museos Pío – Clementino.
Posteriormente Pío VII, amplió valiosamente las colecciones de antigüedades clásicas, agregando el Brazo Nuevo y el Museo Chiaromonti, y mejoró la colección epigráfica, ubicada en la Galería Lapidaria.
Gregorio XVI, creó en 1837 el Museo Etrusco, con piezas procedentes de las excavaciones efectuadas en la Etruria meridional, en 1839 el Museo Egipcio con piezas procedentes de las exploraciones efectuadas en Egipto y con otras que se hallaban guardadas en el Vaticano.
En 1844 el Museo Profano Lateranense, con bajorrelieves, estatuas, mosaicos romanos. En 1854 se agrego el Museo Cristiano, que albergaba esculturas de simbología cristiana antigua, principalmente inscripciones lapidarias y sarcófagos.
El Papa Pío X en 1910, amplio el Lapidario Hebrero, una división con más cien inscripciones procedentes de viejos cementerio hebreos en Roma.
Estas últimas colecciones (Museo Cristiano – Lapidario Hebrero, Museo Gregoriano Profano), fueron trasladadas por decisión de Juan XXIII, desde el Palacio Lateranense a una nueva construcción en el Vaticano. Abriéndose de nuevo al público en 1970.
También se incluyen a estos museos, la Galería de los Tapices que guarda una colección de tapices de distintas fabricaciones, de los siglos XVI a XVII. La Galería de las Cartas Geográficas, adornada por Gregorio XIII y rehabilitada por urbano VIII. La Salas de la Inmaculada Concepción y de Sobieski.
La Capilla del Beato Angélico, decorada en el período de Nicolás V, la famosa Capilla Sixtina, que debe su nombre al Papa Sixto IV, la sección Borgia, el aposento de Alejandro VI, la Pinacoteca Vaticana.
La Colección de Arte Religioso Moderno y Contemporáneo, fue agregada en 1973. También, se fundó ese mismo año el Museo Histórico, y en 1987 fue transferido al apartamento papal del Palacio Lateranense.
También, existe una sección de berlinas y carrosas de los Papas. Y desde principios del 2000, Los Museos Vaticanos acogen a los turistas en una nueva y gran entrada, dónde se hallan los servicios públicos, adornados con distintas obras de arte.